В Москве не позднее ноября 2024 года возбудили уголовное дело о «фейках» про российскую армию по мотивам политической ненависти против публициста Бориса Стомахина. Подробности обвинения неизвестны.

Сам Стомахин в ноябре 2019 года уехал из России и попросил убежища в Украине. Его объявили в международный розыск.

14 ноября 2024 года Бутырский районный суд Москвы заочно арестовал Стомахина.

27 марта 2025 года Бутырский районный суд Москвы признал Бориса Стомахина виновным и назначил ему наказание в виде лишения свободы на 10 лет с отбыванием наказания в исправительной колонии строгого режима.

21 марта 2006 года в квартиру Стомахина и его матери пришли трое оперативников в штатском из милиции Северо-Восточного округа Москвы. После отказа впустить их в квартиру, они начали взламывать дверь. Стомахин попытался бежать из квартиры, спустившись по верёвке из окна. Верёвка оборвалась и Стомахин упал с высоты четвёртого этажа. В городской больнице № 20, куда пострадавшего доставила машина скорой помощи, диагностировали перелом ноги и отростков двух позвонков.

В конце марта 2006 его посетила в больнице следователь прокуратуры Северо-Восточного округа Москвы Снежана Колобова с материалами уголовного дела, возбуждённого против него в декабре 2003 года по статье «возбуждение национальной, расовой или религиозной вражды». Стомахин был переведён в закрытое отделение 20-й больницы. 18 июля судья Останкинского суда Москвы С. Костюченко продлил содержание Стомахина под стражей на два месяца. 3 октября 2006 начались судебные слушания по делу Бориса Стомахина, обвинявшегося в публичных призывах к экстремистской деятельности и возбуждении религиозной ненависти. 20 ноября 2006 года приговорён Бутырским судом Москвы по ч. 2 ст. 280 («публичные призывы к осуществлению экстремистской деятельности»), ч. 1 ст. 282 («возбуждение ненависти либо вражды») УК РФ путём частичного сложения наказаний к пяти годам лишения свободы, с лишением права заниматься журналистской деятельностью сроком на три года, с отбыванием наказания в исправительной колонии общего режима; срок наказания исчислялся с 22 марта 2006 года. 23 мая 2007 г. Московский городской суд оставил приговор без изменения. 23 июня Стомахин был отправлен на этап в тюрьму в Нижний Новгород.

Отбывал срок в ИК-4 пос. Буреполом Нижегородской области. 7 февраля 2008 Тоншаевский районный суд Нижегородской области отказал Борису Стомахину в условно-досрочном освобождении. 11 сентября 2008 тот же суд согласился с утверждением прокурора, что Стомахин не заслуживает УДО, поскольку не признаёт своей вины и не сотрудничает с администрацией колонии. 27 апреля 2009 года суд в третий раз отказал Борису Стомахину в условно-досрочном освобождении (УДО). Всего за время заключения, которое Стомахин отбыл полностью, суд отказывал ему в УДО пять раз.

Борис Стомахин вновь был задержан на своей квартире 20 ноября 2012 года по обвинению в нарушении «антиэкстремистских» статей Уголовного кодекса (282 и 205.2 статьи УК). Задержание было произведено в годовщину его осуждения в 2006 году. Суд санкционировал его содержание под стражей. Уголовное дело было возбуждено 10 июля 2012 года, однако об этом нигде не сообщалось, и Стомахин повесток на допросы не получал вплоть до момента своего задержания. Дело было возбуждено по обращению известного блогера Романа Носикова.

Стомахина, отбывающего уже второй срок за его публицистику, признали виновным по части 1 статьи 205.2 УК (публичное оправдание терроризма). Его обвинили в том, что он опубликовал 18 января 2014 года в блоге Стомахина на хостинге LJ.Rossia статью «Или пару вокзалов взорвать здесь железнодорожных!», посвященную взрывам в Волгограде в декабре 2013 года. Защита подсудимого указывала, что на момент публикации статьи в сети интернет у Бориса было алиби, так как в это время он находился в заключении в СИЗО-4 (г. Москва) и не имел технической возможности что-либо размещать в интернете.