В Москве в сентябре 2023 года возбудили уголовное дело против бывшего депутата Госдумы Ильи Пономарева. Его обвинили в деятельности «нежелательной» организации «Съезд народных депутатов» («Kongres Deputowanych Ludowych»), одним из руководителей которой является Пономарев. По версии следствия, на встречах "Съезда" были приняты документы, которые посягают на территориальную целостность России.

В феврале 2024 года против Пономарева возбудили уголовное дело о госизмене, об участии в деятельности террористической организации и призывах к терроризму. Дела объединили в одно производство.

В августе 2022 года Коптевский районный суд Москвы заочно арестовал политика по делу о «фейках» про российскую армию.

Илья Пономарёв уехал из России в 2014 году после того, как против него возбудили уголовное дело о растрате. Сначала он уехал в США, а потом – в Украину, где киевские власти выдали ему разрешение на временное проживание, а затем и гражданство. В 2015 году его объявили в международный розыск.

В феврале 2025 года стало известно, что против Пономарёва возбудили уголовное дело о «насильственном захвате власти» и «организации и участии в террористическом сообществе». Поводом для нового дела стала деятельность учреждённого политиком «Съезда народных депутатов», который в апреле 2023 года признали «нежелательной организацией».

По версии следствия, Пономарёв с 2022-го по 2024-й провел семь сессий организации, участие в которых приняли более 60 бывших российских парламентариев различного уровня. Они «разработали и приняли более 30 антиконституционных нормативно-правовых актов, таких как „Конституция новой России“, „О переходном парламенте“, „О движении сопротивления“ и другие».

В рамка нового дела 19 февраля 2025 года в девяти регионах России прошли обыски. В Москве пришли с обыском к бывшему депутату Пресненского района Александру Краснову, московским экс-мундепам Нодари Хананашвили и Галине Фильченко, а также к брату бывшего адвоката Марка Фейгина.

Следственный комитет России не позднее декабря 2022 года возбудил уголовное дело о фейках про российскую армию и оправдании терроризма против политика, бывшего депутата Госдумы РФ Ильи Пономарёва. В рамках этого дела 29 декабря 2022 года семи регионах России прошли обыски.

По версии следствия, в 2022 году Пономарёв, находясь на территории Украины, принял участие в трансляции в YouTube на канале форума Свободной России, а также дал интервью «Настоящему Времени», которое опубликовано 17 марта 2022 года с заголовком «Путин будет убит», в ходе которого публично распространил под видом достоверных сообщений заведомо ложную информацию, содержащую данные о действиях Вооруженных Сил Российской Федерации на территории Украины. Более того, обвиняемый высказывал утверждения об оправдании терроризма на территории России.   Пономарев объявлен в международный розыск, ему заочно избрана мера пресечения в виде ареста.

11 сентября 2024 года 2-й Западный окружной военный суд признал Илью Пономарёва виновным и приговорил его заочно к 10 годам лишения свободы в колонии общего режима. Также суд лишил его права заниматься деятельностью, связанной с администрированием сайтов и каналов в сети «Интернет», сроком на 4 года.