В Республике Ингушетия не позднее июня 2022 года возбудили уголовное дело о «фейках» про российскую армию по мотивам политической ненависти против Ильяса Белхароева.

По версии следствия, Белхароев, «находясь на территории Украины, вступив в ряды украинских националистов, под видом достоверных сообщений публично распространил в сети Интернет доступные для общего просмотра публикации, формирующие у читателей заведомо ложное представление о якобы противоправной деятельности ВС РФ и государственных органов Российской Федерации при проведении специальной военной операции на территории Украины, дискредитирующие её истинные цели».

В июне 2024 года стало известно, что против Белхарева возбудили ещё одно уголовное дело — об участии в террористическом сообществе и членстве в незаконном вооружённом формировании, которое противостоит российской армии. По версии следствия, в 2015 году Белхароев переехал в Украину, где в 2021 году вступил в добровольческий батальон имени Джохара Дудаева и частично финансировал его деятельность. Также, по мнению силовиков, Белхароев участвовал в деятельности боевого крыла вирда Батал-хаджи.

Сам Белхароев в июле 2022 года утверждал, что вступил в территориальную оборону Украины.

В августе 2024 года силовики неоднократно приходили в дом к родственникам Белхароева в Ингушетии с обысками, в результате по обвинению в незаконном харнении гранатомёта задержали племянника Ильяса. По официальной версии, гранатомёт прислал родственникам сам Ильяс.

В 2020 году Белхарева объявили в международный розыск и заочно арестовали по обвинению в организации убийства начальника Центра по противодействию экстремизму в Ингушетии Ибрагима Эльджаркиева и его брата Абдулахмеда в Москве. Белхароева по запросу из России задерживали в Украине, но впоследствии суд освободил его.